Surgiu da Reforma Religiosa do século XVI. Deus levantou um homem chamado Martinho Lutero para levar a cúpula da Igreja à refletir nos graves erros em que estavam incorrendo, alertando-os quato à urgência de uma radical reforma eclesiástica. João Calvino, respirando os ares do Renascentismo e influenciado pelas idéias de Lutero, criou um sistema de doutrina que ficou conhecido como Reformado, que tem sua expressão máxima na obra As institutas da religião cristã. Calvino criou também um sistema de governo (presbiteriano), usado por seu contemporâneo John Knox ao fundar a igreja oficial da Escócia, por isso denominada Igreja Presbiteriana.
A primeira Igreja Presbiteriana do Brasil foi implantada na cidade do Rio de Janeiro, em 1859, pelo missionário norte-americano Ashbel Green Simonton. Este notável servo de Deus morreu de febre amarela aos 34 anos de idade, mas deixou uma obra já consolidada neste país, inclusive um seminário para preparação de futuros pastores. Esta igreja se reúne ainda no mesmo lugar de origem, próximo à Praça Tiradentes, no Centro do Rio de Janeiro.